巧克力囊肿和多囊卵巢综合症是由本质上的区别的。巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症，它是子宫内膜异位症的一种特殊的类型，是具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢上，所以引起的卵巢囊肿。而多囊卵巢综合症本身很复杂，它是由于妇科内分泌异常，以及机体全身代谢性异常所导致的一种综合病症。多囊卵巢综合症在临床上主要表现为女性的月经不调、月经稀发甚至闭经、激素水平紊乱，多毛痤疮，从而影响怀孕，导致卵泡不发育，排卵障碍；而巧克力囊肿的排卵功能以及月经情况，大多数的患者都是正常的，所以二者之间是有本质上的区别。

对于巧克力囊肿的女性，如果这时囊肿比较小，痛经症状又不是特别严重，那可以通过药物来保守治疗，比如口服达拉唑，或者是孕三烯酮。还可以考虑直接在月经期间，服用非甾体类的抗炎药，来进行对症止痛治疗，比如常用的布洛芬缓释胶囊，或者是吲哚美辛。同时对于有生育要求的女性，在巧囊不是特别大时，可以考虑尽早备孕怀孕，因为在怀孕以后巧克力囊肿就会萎缩变小，甚至是可能自愈。但如果巧囊已经超过5厘米，这时保守治疗效果不佳，就只能够考虑行腹腔镜手术将其切除，术后需要肌注曲普瑞林来避免巧囊的复发。如果女性因为巧克力囊肿已经出现破裂，那这时就需要考虑行急诊开腹手术治疗。

巧克力囊肿的主要症状为疼痛、盆腔包块和不孕。疼痛主要表现为痛经，月经来潮前或者月经前后下腹部为主的疼痛。疼痛可能与月经周期有关系，也可能与月经周期无关，时轻时重。此外，还可引起深部性交痛。有时会引起进行性痛经。巧克力囊肿是引起不孕的常见原因，在不孕患者中，50%的病因与巧克力囊肿有关系。子宫内膜异位症引起不孕的原因很多，可能是卵巢功能本身的问题，或者腹腔微环境的问题。巧克力囊肿形成病灶以后，由于每月一次的反复病灶出血，巧克力囊肿会逐渐长大。长大的过程中，如果张力过大，囊肿就会破裂。如果内容物较多或者较大，就会导致急性的剧烈腹痛；如果囊肿很小或者破口很小，破口可以自然闭合，但流出去的囊内液会导致囊肿与周围器官粘连。巧克力囊肿破裂会引起急性下腹痛，这种情况需要急诊手术治疗。

囊肿是长在了卵巢上，常叫卵巢的巧克力，子宫内膜长在了卵巢上，每个月月经的时候卵巢上的子宫内膜会出血，日积月累就形成了囊肿，形成巧克力囊肿。巧克力囊肿常常提示囊肿的内囊内的液体，是陈旧性的出血造成的。很多原因导致巧克力囊肿的囊内出血，最常见的将近接近80%以上的是卵巢的子宫内膜异位症。随着每次月经出血囊肿会长大，长到一定程度以后它可能会出现破裂，是最常见的卵巢的巧克力囊肿是子宫内膜异位囊肿。还有比如卵巢的浆液性或黏性囊肿，也有可能会有囊内的出血，颜色也可能是咖啡色或者是巧克力色。一定要把囊壁剥离下来，在显微镜下去看才能知道到底是什么病，可能是子宫内膜异位症，也可能是一个卵巢的病理性的肿瘤。

巧克力囊肿根治的方法是不来月经，可以用药物，也可以用手术将卵巢切除。如果卵巢的子宫内膜异位囊肿，根治的方法是不来月经。没有雌孕激素的刺激，囊肿不会再长。还有是把卵巢切掉，切掉卵巢以后，没有雌孕激素的分泌，没有月经，才能达到根治的效果。卵巢巧克力囊肿常发生在生育年龄的妇女。卵巢对于女性是非常重要的内分泌器官，分泌雌孕激素。在临床治疗中，医生要权衡利弊，到底是把卵巢切掉，根治卵巢的巧克力囊肿还是剥掉囊肿，虽然有复发的可能，但是卵巢还在，可以分泌雌孕激素维持女性的内分泌功能。要权衡要具体的问题具体分析，根据患者的实际年龄，然后进行处理。