两者之间的区别在于发病范围不同。

牙痛的典型临床表现有牙痛指由于龋齿、残根、残冠等牙病引起的疼痛。牙痛是持续性疼痛，夜间发病明显，冷热刺激加重，疼痛部位深、无放电样疼痛，通过对口腔检查可发现牙病，如龋齿、残根、残冠待。三叉神经痛典型临床表现在三叉神经感觉支配范围内(如眉弓上方、眼眶下方、颧部、上唇、下唇等处)突然发生电样，刀割样、撕裂样或针刺样剧烈疼痛，持续数秒或数分钟后停止，多数病人仅发生在面部一侧，亦有双侧同是发生，常见于40岁以后女性多于男性。

三叉神经痛发作时疼痛剧烈，难以忍受，不少病人患病后不敢洗脸、不能刷牙、说话甚至不能吃饭，三叉神经(II支)痛和下颌神经(III支)痛特别容易与牙痛相混，有不少患者的疼痛来自牙龋、常因此被误以为牙痛而惨遭拔牙之苦，更有患者遇到糊涂的牙医竟然全排牙都被连根拔除而依然疼痛不已，因此患者与牙科医师均应高度警觉。