人体的肠道在不断地蠕动，食物也不断地被消化、吸收与排泄，肠道菌群也随之进行细菌的增殖与排出。正常情况下，肠道菌群与人体一样处在一个对机体有益的动态平衡中。

有些因素能够引起正常范围内的肠道菌群的变化，如年龄、饮食、季节、环境等。随着年龄增长，婴幼儿、成年人、老年人菌种比例也有一定差别，肠道菌群在人生的不同年龄段具有一定的演化过程，在成年期这段漫长的时间段里，肠道菌群是非常稳定的，进入老年期后，有益菌双歧杆菌的数量减少，有害性和腐败性的细菌如大肠杆菌、梭状芽胞杆菌的数量增多。

但长寿老人的粪便菌群中双歧杆菌的数量，并不像一般老人一样有明显的下降。日常饮食也会影响肠道菌群的组成，如饮食过量或过少、食物中缺乏蛋白质，婴幼儿时期没有母乳喂养等都可使双歧杆菌下降。天气过于炎热，空气中的烟雾和有害气体等都可以不同程度地影响肠道菌群。

肠道菌群的生理改变在一般情况下，仍然保持着与机体之间的生态平衡关系，但是有时在生理性改变的基础上，再加上病理性因素的参与，就可能造成肠道菌群的数量与各菌种的比例发生较大幅度的变化，超出正常范围并由此产生一系列的临床表现，称为肠道菌群失调。