依据肠道菌群与人体的关系，我们人为地把它们分为敌我友三大类：第一类是我们的朋友即有益菌如双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等；第二类是我们的敌人即有害菌如葡萄球菌、绿脓杆菌等；第三类是中间分子即中间菌如肠球菌、大肠杆菌等。不同人的肠道菌群，其组成和数量存在个体差异，可能受个体的遗传性控制。