研究表明反式脂肪跟普通脂肪的代谢途径是一样的，没有发现存在特殊的代谢途径，也没有发现反式脂肪在婴幼儿、儿童、青少年和成人体内的代谢途径有何不同。有部分研究表明，反式脂肪会干扰其他必需脂肪酸的代谢。但是欧盟认为，只要必需脂肪酸的摄入量适宜就不会受到影响。