药物治疗适用于有慢性盆腔痛、经期痛经症状明显、有生育要求及无卵巢囊肿形成患者。采用使患者假孕或假绝经疗法，已成为临床治疗内异症的常用方法。常用药物包括短效口服避孕药、孕激素、孕激素受体拮抗剂、雄激素及其衍生物、促性腺激素释放激素激动剂。