子宫内膜异位属于免疫疾病，在EMs患者腹腔液中巨噬细胞的数量和活性显著升高，由巨噬细胞和其他免疫细胞产生的细胞因子如白细胞介素-1(IL-1)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)等也升高。另外，腹腔液中辅助性T细胞增多，抑制性T细胞减少。子宫内膜、血清及宫颈分泌物中IgG和IgA增高，血清中一些抗体等增高，所有这些现象提示EMs是一种自身免疫性疾病。