导致小儿发生慢性腹泻的原因主要是因为肠道菌群失衡，因为新生儿菌群尚未形成，如果在受到细菌、病菌和真菌等多种致病菌感染后，滥用抗生素的话，就容易引起慢性腹泻。另外，长期营养不良、乳糖不耐受和喂养不当的话，也容易造成小儿出现慢性腹泻的情况。

慢性腹泻的发病原因之一就是患有某些代谢性疾病，较为常见的就是甲状腺机能亢进症，也有可能是患有糖尿病。各种消化系统疾病也有可能会导致慢性腹泻，比如说克罗恩病，除此以外，溃疡性结肠炎以及大肠癌等消化系统疾病也容易引发慢性腹泻。

小儿的消化系统发育还不是特别的成熟，肠胃功能比较差，如果饮食不当可能会导致慢性腹泻；细菌或病毒感染、着凉、不注意卫生、有乳糖不耐受问题时，也常会有慢性腹泻出现。细菌或病毒感染、着凉等引起肠炎时，还常会伴随着发烧症状。

如果小儿患有慢性腹泻，可根据病情适当服用肠炎宁片进行治疗；如果出现了食欲不振或者消化不良的现象，可以服用山楂麦曲颗粒。除此之外，小孩子患上了慢性腹泻之后，也可以口服藿香正气口服液、参苓白术散等药物来治疗。

推拿可以用于治疗慢性腹泻，可以发挥出消积导滞以及健脾养胃的疗效。但单一采用中医推拿疗法，并不能达到彻底性根治的效果。而在推拿时一般可以采用揉腹法和推背法，也可以用拇指侧面推上七节骨。另外，还可针对于关元穴、三阴交穴以及气海穴等多个穴位推拿。