当归苦参丸一般没有副作用，但是需要注意用量。如果当归可以长期服用。当归用量过大，口服常规用量的当归煎剂、散剂偶有疲倦、嗜睡等反应，停药后可消失。苦参长期吃会肾痛。当归苦参丸虽然没有严重的副作用，但是偶见不良反应头晕，恶心，呕吐，心率加快，呼吸急促等。多见于有隐蔽性心血管疾病者或过量服用时。