咖啡灌肠的风险是比较大的，咖啡灌肠潜在风险轻者为影响钙质吸收与脂溶性维生素的吸收。由于咖啡并非通常医院所用无菌水，咖啡灌肠极易导致细菌感染，引起结肠炎甚至败血症。咖啡灌肠时很难控制咖啡溶液渗透压与体液一致，极易导致电解质失衡，从而引发头晕、休克、脑囊肿，甚至死亡。