一般情况下，患者指甲凹凸不平可能是真菌感染、营养不良导致的。
1.真菌感染：患者指甲如果被真菌感染可能出现灰指甲的状况，使指甲组织结构被破坏，甲面出现增厚、缺损、分离等情况，从而凹凸不平。患者可以在医生指导下使用盐酸特比萘芬乳膏、卢立康唑乳膏等药物进行治疗。
2.营养不良：患者摄入营养不足、胃部消化不良等原因可能导致患者营养不良，使指甲生长所需营养缺乏，甲床出现断裂、分离等情况，从而凹凸不平。患者可以在医生指导下使用枯草杆菌二联活菌颗粒、酪酸梭菌活菌散等药物进行治疗。