功能性胃肠疾病的原因有：1、胃肠蠕动异常障碍：首先要排除对医院器质性病变，尤其排除幽门螺杆菌感染引起的疾病，临床表现常有打嗝、易饱腹、腹泻、便秘等症状；2、精神因素：肠道疾病可引起肠脑轴改变，进而引起大脑神经内分泌异常，导致失眠、易怒、精神障碍、肠道菌群失调；3、社会环境因素：饮食不规律、高血压、情绪紊乱等因素可引起功能性胃肠疾病。