小儿蛛网膜囊肿的原因是先天性颅内囊肿，宝宝在胚胎的时候就已经形成了囊肿，孩子早期发育存在异位残留。大脑不同的部位发病也不同，分为安上池、四叠体池、镰旁囊肿，是由于胚胎早期时脉络丛变异、分布不均衡，导致中心位置有残留，封闭脑积液，引起局部囊性占位。