慢性直肠炎的主要治疗方法是口服药物和局部药物。口服药物包括传统的结肠炎治疗药物如5-氨基水杨酸和肠道益生菌，以及一些中药，包括清热利湿、健脾壮阳的药物。抗抑郁药和抗焦虑药也可以用于有精神症状的患者。这是治疗肠道炎症的常用口服药物。有更好的方法治疗直肠炎症。可以使用灌肠剂和外用栓剂。由于这些药物可以直接到达病变部位，其疗效相对较好且明确。