巧克力囊肿形成的主要原因是子宫内膜异位症。这种巧克力囊肿是由子宫内膜移位到卵巢引起的。正常情况下，子宫内膜受子宫腔内卵巢分泌功能的影响，即增生、分泌和脱落，形成月经。如果子宫内膜进入卵巢，卵巢内的子宫内膜受卵巢分泌功能的影响，也会出现增生、分泌和脱落等变化，但位于卵巢位置的子宫内膜不会在卵巢内脱落，时间一长就会形成巧克力囊肿。