巧克力囊肿被称为子宫内膜移位现象，巧克力囊肿出现疼痛主要是由于子宫内膜的症状产生从而导致明显的腹痛，腹痛特别是性交过程后更明显，如果子宫内膜异位症的现象会变得非常严重，那么疼痛症状就会明显增加。其次，巧克力囊肿发生后会导致盆腔严重粘连，从而带来疼痛的感觉，还会引起月经紊乱、痛经等症状，随着时间的推移，随着巧克力囊肿直径的增加，会压迫周围组织和器官，也会压迫膀胱、肠道等器官，刺激周围器官，从而加重疼痛。