幼儿夜间咳嗽的原因很多，其中大部分是呼吸道感染引起的。与支气管炎、肺炎、百日咳或急性喉炎一样，这些疾病是由细菌、病毒、支原体或百日咳杆菌引起的。这些病原体可导致夜间腺体分泌增加、气道痉挛和诱发咳嗽。还有一些孩子因为胃食管反流，由于孩子的胃处于水平位置，牛奶会有一部分回流到喉咙里引起咳嗽，称为胃食管反流引起的咳嗽。