这两种疾病在皮疹分布上主要在临床上不同。咽峡炎主要会出现口腔粘膜上的粘膜皮疹，但是手足口病不仅会出现在口腔粘膜上，还可能会手足部位的皮疹。但是也有不典型的手足口病，可能只有口腔粘膜皮疹，通常很难将手足口病与疱疹性咽炎和口腔粘膜皮疹区分开。所以治疗期间需要及时进行检查，然后进行针对性治疗。