男性性腺发育不全症的鉴别诊断主要包括下丘脑异常、垂体性性幼稚以及性腺病变。其中下丘脑异常与先天因素或者后天获得性病变有一定的关系。而垂体性性幼稚则包括垂体前叶功能减退症以及选择性促性腺激素缺乏，垂体前叶功能减退症主要就是指垂体部位的肿瘤、外伤或者结节病等等。