食道念珠菌感染的治疗首先是全身治疗，应积极处理病因。如果可能，应停止使用醛固酮、抗生素和免疫抑制剂。为了改善营养，逆转全身免疫功能紊乱是很重要的。最常用的药物是两性霉素B或咪康唑抗真菌衍生物，如谷氨梭菌，可单独或联合用于胃或结肠分流重症。