治疗子宫内膜移位，可以通过手术去除病灶，缓解和消除疼痛，减少和避免复发。还有假孕疗法，可以滴用孕激素类药物，口服的主要有安宫黄体酮、普维拉等，滴注的有乙酸孕酮，至少持续六个月，使异位内膜停止活动，最后发生萎缩。还有假绝经疗法，如隔阂瑞林，只需一个月皮下注射一次。