造血干细胞移植会出现感染、排斥反应等并发症。在预处理过程中会出现相应的并发症，包括化疗药物引起的肝静脉窦梗阻综合征等。移植后，除了病毒、细菌和真菌的感染外，最重要的是排斥反应，即移植物抗宿主病，这可能会影响长期的生活质量，并在不久的将来威胁到生命。移植后，更多的患者面临复发。血液和骨髓试验通常每月进行一次，密切监测是移植成功的一个重要因素。