间充质软骨肉瘤的病因不明确，所以无法针对病因进行有效的预防。这种疾病发生目前认为与基因突变密切相关。人体受到物理、化学或者生物的某些影响发生基因突变，并在此基础上发展成为间充质软骨肉瘤。对于继发性间充质软骨肉瘤，多认为由良性肿瘤受到辐射发生恶变而产生。平时需要注意避免进行辐射严重的地方。