主要选择激光、电刀或肛瘘填充内口和瘘管，烧伤或侵蚀，进而促进肛瘘愈合。但是后期复发率相对比较高，所以在临床上也比较少用。因为在临床上治疗肛瘘主要是要清除内口以及瘘管，只有内口和瘘管清除干净之后，肛瘘才不容易复发，所以一般选择手术治疗来清除瘘管及内口。