肝邻近器官的感染是引发肝脓肿的常见原因。感染主要通过淋巴系统进入。而开放性肝损伤时，细菌可以直接进入肝伤口内引起肝脓肿。此外，临床上还有一种特殊类型的肝脓肿，也就是阿米巴性肝脓肿，主要还是由于肠道阿米巴感染所造成，多继发于阿米巴痢疾以后。