胆总管造口术后的并发症，主要是由于肠液或食物残渣回流引起的复发性胆管炎，胆管炎症也可继发于胆结石的形成。反复胆管炎或直接刺激结石也会引起胆管癌的发生。这些都是胆总管空肠吻合术术后的长期并发症。胆肠吻合术后早期主要并发症是胆肠吻合术瘘口，易发生胆道性腹膜炎或局部脓肿等。