胆总管囊肿患者，在手术中容易出现一些并发症，常见的是术后发生胆瘘，患者还会出现腹痛和引流量增加。另外，它是手术中的侧伤，且术后胆管吻合容易并发吻合口狭窄，部分患者还可出现梗阻性黄疸，术后感染也是常见的并发症，尤其是切口感染。还有开腹手术后容易出现腹部粘连，甚至严重时会导致肠梗阻，局部吻合口狭窄也容易出现继发性胆总管结石，因此要注意抗感染对症治疗，定期复查，必要时进一步选择胆道造影。