药物流产主要的副作用有以下几点，一、胚胎组织的残留，由于药物流产，对胚胎的大小有比较严格的规定，小于49天的胚胎才可以吃药物流产。如果大于49天，很容易导致胚胎组织的残留。另外由于有的人对药物不是很敏感，即使是胚胎小于49天，也有可能会导致胚胎组织残留。这种情况下，有的人可能还需要做清宫手术。另外它的副作用主要会导致阴道出血时间的延长。由于药流药物的影响，这个时候，药流患者手术以后会导致阴道出血时间的延长，有的人会淋漓不尽十多天甚至20多天，这个到医院做B超，一般发现子宫腔里面并没有什么东西，是由于药流药物引起的副反应。另外有的人可能会导致贫血现象的发生，只是由于出血时间长了以后导致的。还有的人可能会导致女性子宫的发炎或者是盆腔的发炎。