一般当巧克力囊肿超过5厘米，就需要考虑进行手术进行治疗。巧克力囊肿是属于最常见的子宫内膜异位症，不但会引起进行性加重的痛经表现，还可能因为囊肿过大，而出现卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。所以在囊肿没有破裂的情况下，可以进行腹腔镜微创手术，因为这类手术切口比较小，术后恢复又比较快。但对于已经出现囊肿破裂或者扭转的女性，就可能需要开腹手术进行切除。术后还需要在医生的帮助下肌注亮丙瑞林，或者曲普瑞林来继续治疗，其目的就是为了预防巧克力囊肿的复发。因为在手术的过程中，可能没办法将异位的子宫内膜组织完全清除干净，所以最好继续进行药物治疗。