根据病人是否接受过抗结核药物治疗以及耐抗结核药物的种数，耐药结核病可分为原发性耐药、初始耐药、获得性耐药、耐多结核。原发性耐药结核指没有接受过抗结核药物治疗而发生结核杄菌耐药。初始耐药结核指经临床评估后，不能充分肯定以往有没有接受过抗结核药物治疗且治疗小于1个月而发生的结核菌，包括原发性耐药和末发现的获得性耐药。获得性耐药结核指接受过抗结核药物疗程大于1个月而发生的结核杆菌耐药。耐多药结核病乃是指结核患者其痰或其他标本分离出的结核杆菌至少耐INH、RFP两种主要抗结核药物或HR两种以上的药物。根据耐药种类又可以分为四种：单耐药结核病、多耐药结核病、耐多药结核病、广泛耐多药结核病。