卵巢囊肿大多数不会引起月经不调。卵巢生理性囊肿，一般发生于排卵后的黄体期，形成黄体囊肿。有黄体囊肿的女性，月经都是比较规则，有正常的雌激素和孕激素的分泌，会有正常的排卵，形成排卵后的黄体囊肿。而会引起月经不调的卵巢囊肿包括有子宫内膜异位囊肿、卵巢的生殖细胞肿瘤。子宫内膜异位囊肿的女性，很多在月经期出现反复出血，导致月经不调。而卵巢的生殖细胞肿瘤，由于肿瘤本身会分泌雌激素，有可能造成月经不调。其他的卵巢囊肿，大多数不会造成月经不调。