卵巢囊肿的治疗方法是根据囊肿的性质、患者的具体情况和年龄等决定的。如果是生育期或者青春期的卵巢囊肿，要进行保守性的治疗，就是只切除囊肿，保留其他正常的卵巢组织。如果已经绝经后的女性，可以使用切除整个卵巢的根治性方法。因为保留正常的卵巢组织卵巢囊肿有可能会复发。生理性的囊肿不需要进行治疗，病理性的囊肿通过药物治疗是无效的，主要是通过物理干预、手术或者是超声引导穿刺等方法治疗。当然在明确了卵巢囊肿病理性质后，如果是卵巢子宫内膜异味囊肿，就要使用药物来延缓复发。如果是初诊病人的卵巢囊肿，通过药物治疗能够使它消失是不可能的。