慢性腹泻的主要危害之一是会导致肠道菌群失调，可诱发真菌性肠炎、肠出血等多种大肠疾病，严重时可能会导致肠穿孔。同时会因为长期性腹泻而出现免疫力下降的情况，且会因此而发生继发性感染。除此之外，还会引起营养不良和肝肾功能异常。

导致慢性腹泻的原因之一就是消化系统疾病，比较常见的有肠道感染性疾病、肠道非感染性疾病，也包括肝胆胰腺类疾病。甲状腺功能亢进症、慢性肾上腺皮质功能减退等内分泌代谢性疾病也容易引发慢性腹泻，另外，慢性腹泻的发病和某些免疫性疾病也有关系。

慢性腹泻的发病原因之一就是患有某些代谢性疾病，较为常见的就是甲状腺机能亢进症，也有可能是患有糖尿病。各种消化系统疾病也有可能会导致慢性腹泻，比如说克罗恩病，除此以外，溃疡性结肠炎以及大肠癌等消化系统疾病也容易引发慢性腹泻。

慢性腹泻和急性腹泻的发病原因、症状表现、发病时长，以及治疗方法都有所不同。慢性腹泻的病因比较复杂，可能是因为疾病或受到了感染所造成的，如果不及时治疗，可能会出现营养不良的情况，且发病时间较长，在治疗上需要根据病因针对性处理。急性腹泻主要是因为吃了不干净食物所造成的，发病时间比较短，患者容易出现发热的症状，需要使用一些调节水电解质的药物。

慢性腹泻的发病和某些全身性的疾病有着密切的关系，比较常见的就是糖尿病，部分患者是因为甲状腺功能亢进所致。某些胃肠道疾病也容易引起慢性腹泻，比如说溃疡性结肠炎，再就是患有大肠癌，还有部分患者是因为患有克隆病，也就是节段性肠炎。