早晨醒来腰疼是不是肾虚，要按照腰疼的具体部位来判断，如果是腰部的正中疼痛，那么有可能是因为有腰椎间盘突出，或者是腰椎的其它疾病所引起的。如果是腰部的两侧疼痛，那么就有可能是肾虚，或者是有肾脏类的结石等情况所导致的。患者首先要到医院检查，排除肾脏的其它的病变，比如肾脏类的结石等等。这些情况排除以后，可以到中医科，医生通过把脉，望闻问切来诊断。确诊是肾虚导致的腰疼，严重的还会出现腰部的转侧和屈伸不利。所以如果是肾虚引起的腰疼，可以在医生的指导下选用相应的中药来进行治疗。