慢性腹泻的主要危害之一是会导致肠道菌群失调，可诱发真菌性肠炎、肠出血等多种大肠疾病，严重时可能会导致肠穿孔。同时会因为长期性腹泻而出现免疫力下降的情况，且会因此而发生继发性感染。除此之外，还会引起营养不良和肝肾功能异常。

导致慢性腹泻的原因之一就是消化系统疾病，比较常见的有肠道感染性疾病、肠道非感染性疾病，也包括肝胆胰腺类疾病。甲状腺功能亢进症、慢性肾上腺皮质功能减退等内分泌代谢性疾病也容易引发慢性腹泻，另外，慢性腹泻的发病和某些免疫性疾病也有关系。

大多数患者会出现慢性腹泻，主要是因为消化不良、受到感染、脂肪吸收不良或食物中毒所造成的，例如经常吃一些油腻且不容易消化或腐烂的食物，就很容易导致腹泻发烧。除此之外，还有部分患者是因为本身就患有肠道疾病所引起的慢性腹泻，这都需要尽早接受治疗。

慢性腹泻会引发的并发症之一就是感染，除了一般的感染之外，还包括真菌感染，甚至是全身性的真菌病。再就是会出现营养不良以及维生素缺乏症，这也是慢性腹泻常见的并发症之一。除此以外，慢性腹泻的并发症还包括病毒性心肌炎以及中毒性肝炎。

如果慢性腹泻的病情比较严重，大便过于频繁，可以适当的应用止血药物进行治疗，常用的就是蒙脱石散。再就是可以使用微生物制剂来调理肠胃，改善肠道微生态环境。如果存在细菌感染的情况，可根据具体的致病菌选择合适的抗生素类药物，若腹痛严重，则需要应用解痉止痛的药物。