先天性足畸形既然是先天的，它已经是在胚胎发育过程中就出现的问题，可以是遗传的，比如第四跖短小症等等，是一种隐性的遗传性疾病，也可能是基因突变。在胚胎发育过程中，一个趾芽的发育出现了问题，停滞或者是异常，最多见的还是一个以先天性的遗传，家族性的基因的一个异常，或者是胚胎发育中受一些外界病毒、药物影响，导致一个胚芽的发育异常而产生的一种疾病。