结石手术一次取不干净的原因有以下几点:1.对于输尿管上段的结石,由于在手术当中会有水冲洗,以保证视野的清晰,水击打结石的时候,结石会往上跑,有可能跑回到肾里面的,当结石跑回到肾里面的时候,顺着输尿管镜是够不着,就会遗留下来残留的结石,2.另外,对于肾结石来说,由于肾里面的结构比较复杂的,它包括肾盂、肾盏,肾盏又分了大小好多盏,但是我们的镜子一般都是那种直的,硬的镜子,有些地方可能镜子它是看不着的,即形成我们所谓的盲区,有的结石可能就处理不了,虽然可以多做几个切口,多打几个洞来进行手术,但是毕竟不能打太多的洞,所以说做经皮肾镜手术有残留的结石,这也是一种有可能出现的正常现象。