中药牡蒿与青蒿的区别是中药牡蒿是菊科蒿属植物牡蒿的全草，具有清热解毒、凉血止血的功效，主要用于治疗丹毒、蛇虫咬伤、带下、便血、崩漏、咳血、肺结核潮热、黄疸型肝炎、小儿疳热等症状。而中药青蒿是菊科植物黄花蒿的地上部分，具有清热解暑、截疟退黄的功效，可以用于治疗温邪阴伤、夜热早凉、暑邪发热、阴虚发热、骨蒸劳热、疟疾寒热等症状。