检查通常需要20-30分钟，但如肠道非常迂曲导致进镜困难或需在多部位采集组织进行病理检查或切除息肉，检查时间可能会有所延长。为确保检查顺利进行，检查前通常需给予适量解痉药物或镇静剂，注射药物后可能会出现一过性视野模糊、心率加快等症状，但通常会很快缓解，无需过于担心。
检查时患者通常需取左侧卧位，双膝屈曲，如需进行无痛肠镜检查，检查前还需给予麻醉剂，并建立静脉通路。检查时需首先进行肛门指诊，确认肛门、肛管和直肠末端无异常后，医务人员会缓慢经肛门导入内镜，沿直肠与结肠逐渐向内推进，直至到达盲肠末端，随后缓慢回撤，内镜仔细观察大肠内部黏膜状态。如发现异常可直接留取影像，并采集少量组织进行病理检查，检查结果大约会在一周后被告知。
检查过程中如发现体积较小的息肉，可直接在内镜下切除。如息肉较大或怀疑有癌变倾向或怀疑在切除过程中，可能发生出血、肠穿孔等并发症，则需先钳取部分息肉组织进行病理检查，随后再根据检查结果确定是否需要进行内镜治疗或手术治疗。