肠瘘本身可以经历四个阶段。第一，炎症期。主要发生在创伤或者手术后的一周以内，由于肠内容物经过肠壁缺损的漏出，对瘘口周围产生刺激，引起局部腹膜炎症的反应。第二，局限性脓肿期，多发生于肠瘘发病后的7到10天，主要是急性肠瘘引起的腹膜炎症反应，腹腔内纤维素的渗出，大网膜包裹，肠瘘周围器官的黏连等等，而形成局限性的脓肿。第三，瘘管形成期，在脓肿没有人为的引流情况下，可以发生破溃。然后破溃之后脓腔可以通向体表或者周围器官，从肠壁的瘘口到腹壁或者是其他器官瘘口处形成异常的通道，然后经过此通道流出。第四，瘘管闭合期。随着全身情况的改善和有效的治疗，瘘管内容物引流通畅，周围组织的炎症反应逐渐的消退，以及纤维组织增生，瘘管可能最终被肉芽组织填充而愈合。肠瘘出现以后，除了原有的疾病引起的病理生理改变以外，肠瘘本身也会引起一系列的特有的病理生理改变，主要包括水电解质和酸碱紊乱，营养不良，消化酶的腐蚀作用，感染以及器官功能障碍等等。根据瘘口的位置、大小、流量以及原有疾病的不同，对机体造成的影响也不尽相同。瘘口小，位置低，流量少的肠瘘引起的全身病理改变比较小，对于高位、高流量的瘘，则引起的病理生理改变比较明显，甚至出现多器官功能衰竭，导致患者死亡。