直肠癌化疗的副作用有器官脏器方面的副作用和药物的副作用，化疗后的乏力，精神不好，还有消化道的副反应，恶心呕吐，还有骨髓的抑制，白细胞下降，贫血，血小板减少，血小板的下降等等副作用；药物的副作用主要有发麻、腹泻、病人发黑等。
直肠癌的化疗副作用主要是两方面：
一是属于所有的各个器官脏器，恶性肿瘤化疗都会引起共性的问题，这种是属于化疗药的共性的问题。
二是属于结直肠癌的病人常用的化疗药引起来的副反应，直肠癌病人化疗最常用的就主要是三个药。
1、奥沙利铂。奥沙利铂的特异的副反应是属于外周神经毒，所以病人用完后，可能觉得周身的发麻，尤其是在四肢麻木的较厉害，这种麻木是遇冷加重的，会觉得麻的会更厉害。
2、伊立替康，这个药的特别的副反应是腹泻，部分病人，尤其是对有部分基因表达有问题的病人，腹泻会非常的严重，然后不断的在拉肚子。所以这时都要告诉病人，碰到这种可能要提前准备好易蒙停，专门去对付伊立替康引起腹泻的。另外还需要病人在化疗前需要专门做一个基因检测，在化疗前就先预判病人用伊立替康导致腹泻的副反应会不会很重，如果一旦是很重，医生可能就需要化疗药的减量，包括提前做预防用的药物来减轻腹泻的副反应。
3、卡培他滨片，这是口服化疗药，使用起来非常方便，但也会引起较特别的副反应，即病人发黑，用完了后脸黑的、手是黑的。另外这个药还会造成一个手足的综合征，导致了手脚上头长水泡起皮疹，或者再厉害一点的会形成破溃或者是甲沟炎等等。