胃窦溃疡需要进行根除幽门螺杆菌治疗，且应用保护胃黏膜的药物。同时同时要减轻精神压力，改善进食规律，戒烟戒酒，停止服用不必要的非甾体类抗炎药。比如阿司匹林、氯吡格雷等。
胃窦溃疡最常见病因是幽门螺杆菌感染，其次是口服对胃黏膜有刺激的药物，也可引起胃窦溃疡，如关节炎患者长期口服非甾体类抗炎药，或腰腿痛患者长期口服止痛药物等，这些药物长期应用都可引起胃溃疡的发生。如果明确病因，可以做呼吸实验，如果呼吸实验是阳性，即提示存在幽门螺旋杆菌感染，需根除幽门螺杆菌治疗。
目前根除幽门螺杆菌治疗方案是一种质子泵抑制剂加两种抗生素，或一种铋剂加两种抗生素。主要是奥美拉唑、阿莫西林、还有克拉霉素。在抑制胃酸方面，现在主要有两种药，即质子泵抑制剂和氢受体拮抗剂。质子泵抑制剂包括奥美拉唑、雷尼替丁、泮托拉唑、雷贝拉唑等。还有一种是应用保护胃黏膜的药物，如胶体果胶铋、氢氧化铝凝胶等。