其实胆管结石的成因并不完全相同，有的是原发性的胆管结石，有的是继发性的胆管结石，它的成分也有区别，有的是单纯的胆固醇性的结石，有的是胆色素性的结石，还有是两者混合型的结石。一般认为原发性的胆管结石是胆色素结石为主，继发性的胆管结石，为胆固醇性的结石或者混合性结石多一些。这里边原发性胆管结石适合胆道的感染，胆管的变异狭窄，胆汁排流的不畅，以及胆道的一些寄生虫，特别是年轻时候小孩得的胆道蛔虫是有关系的。它是以胆色素结石或者是混合性的结石为主，继发性的胆管结石是由于胆囊形成的结石，它排入并停留在胆总管内。当然也有一部分胆管结石，它是由于肝内胆管结石脱落以后进入胆道管引起来。这种情况主要是胆固醇性结石，或者是胆色素性的结石都有可能。知道上述的病因，就会发现不同的病因形成的结石不同，不同的结石它导致的临床的病程也会不完全相同。
肝内胆管结石，早期很可能患者是没有症状的，一般再出现激发的胆管炎，或者慢性的胆管炎的反复发作，导致肝功能异常以后会出现这个情况。肝外胆管结石，是胆结石脱落以后，有的时候会引起急性的活动，会表现出急诊的症状。所以病史、病程以及对病情的判断，对于判断胆管结石的成因和后续的指导临床的治疗都是有一定帮助的。