目前临床上认为卵巢巧克力囊肿，也就是卵巢子宫内膜异位囊肿是有可能影响怀孕的，因为这是由于具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢上，这种疾病表现是多样的种植到子宫呈现子宫腺肌症。那么种植到卵巢，呈现卵巢子宫内膜异位囊肿也就是巧克力囊肿，这种疾病会引起盆腔的局部的粘连，从而引起输卵管、卵巢周围广泛粘连，从而会导致输卵管的梗阻扭曲，输卵管蠕动异常就会影响受精卵的输送，从而影响精子卵子相结合引起不孕症的发生，而且子宫内膜异位症的患者会引起女性盆腔的内环境发生改变，释放的某些物质会影响女性怀孕从而引起不孕症的发生。

患有巧克力囊肿的患者会出现月经血发黑的情况的，这是由于卵巢巧克力囊肿又叫做子宫内膜移位卵巢囊肿。这往往是由于具有生长功能的一位内膜侵入卵巢，从而引起的卵巢囊肿，而移位的子宫内膜病灶侵入卵巢后破坏卵巢功能，从而引起内分泌功能紊乱，此时就会影响女性的月经，使女性的月经出现黑色。建议患者可以调整月经周期，必要时可以去医院，由医生的指导下，可以口服一些活血化瘀的中药来进行调理治疗。如果巧克力囊肿过大，则应该进行手术治疗。那么女性在平时日常生活中要保持好良好的心态，压力不要太大。

目前在临床上，对于女性来说要禁止在月经没有干净时进行性生活，即月经期是禁止性生活的。同时要注意性卫生，注意保持外阴阴道的清洁、干燥、卫生。在月经没有干净时要停止性生活，同时要做好避孕措施，尽量减少做宫腔操作，以减少子宫内膜异位症的发生，所说的宫腔操作，比如人工流产、刮宫、取环、上环等等。对于已经患有子宫内膜异位症的患者，卵巢囊肿的患者需要定期的去医院进行检查，以防止囊肿突然的长大或者破裂。同时在日常生活中应该调整好自己的情绪，保持乐观愉悦的心态，使自己机体的免疫系统恢复正常。要注意自身的保暖，避免受寒受凉，要注意腹部的保暖，注意调整自己的情绪，不要长期的过于焦虑、心烦，否则会干扰女性妇科内分泌，引起月经的紊乱。

由于巧克力囊肿是由子宫内膜腺体间质移位到卵巢所引起的囊肿，这是由于子宫内膜碎片移位到了卵巢所形成的包裹性的囊肿。在平时来月经时囊肿会出现一个比较明显的疼痛，而且囊肿会逐渐的增大，那么我们在临床上可以采取腹腔镜手术治疗，但是手术就会出现副损伤，有可能会对卵巢组织造成一定的伤害，影响到卵巢的功能，从而导致女性的卵巢功能衰退。而且手术后还有可能会造成盆腔组织器官的粘连，患者可能会出现下腹部不适，甚至疼痛等临床表现，有一部分患者还会出现性生活时出现腹部疼痛的现象。建议女性在平时日常生活中注意腹部的保暖，避免受凉。

巧克力囊肿穿刺抽液术是指在超声引导下经皮穿刺抽吸巧克力囊肿内积血联合硬化剂硬化治疗。是在超声影像的引导和监视下，利用直径一点一毫米的金属针准确穿刺到“巧囊”内，穿刺路径可以是经下腹部或者经阴道，主要视患者已婚否和囊肿的位置高低以及穿刺路径上的障碍大小等因素而定，先把长期淤积的陈旧性血液抽吸掉，用生理盐水充分清洗囊腔后，再用无水乙醇或聚桂醇冲洗囊腔，使得囊腔的内皮细胞发生坏死，丧失“再出血”的能力。硬化治疗是不将囊肿剥除拿出体外的，而是使得囊肿内膜坏死，坏死组织逐渐被机体吸收达到治疗目的。穿刺硬化治疗的最大优势是真正的微创，在腹壁、囊肿壁上仅仅造成一点一毫米的细微穿刺针眼，对聚桂醇硬化剂对卵巢组织的损伤十分轻微。不过，巧克力囊肿首次治疗一般选择手术治疗。复发的患者可以选用穿刺抽液的方法。