目前临床上对于巧克力囊肿的治疗方案的选择，需要根据患者的年龄、囊肿的大小、患者存在的临床表现和患者主要的致病原因综合的来进行考虑的。如果对于有生育要求的女性巧克力囊肿不大，仅仅表现为单纯的巧克力囊肿腹腔内没有明显的病灶，可以使用药物来缓解痛经的症状，这种情况下可以采取保守治疗，让患者尽早的怀孕解决生育要求。因为怀孕后对于子宫内膜异位症也是一种治疗，而对于年龄偏大已经有孩子的女性囊肿已经侵犯了身体的其他部位，而且症状比较重时需要进行根治性的手术，必要时也可以进行子宫以及双侧卵巢的切除。对于单发的巧克力囊肿，囊肿直径大于五厘米也可以进行腹腔镜下的囊肿剥除术，术后可以给予GNRHA药物治疗。

目前临床上认为卵巢巧克力囊肿，也就是卵巢子宫内膜异位囊肿是有可能影响怀孕的，因为这是由于具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢上，这种疾病表现是多样的种植到子宫呈现子宫腺肌症。那么种植到卵巢，呈现卵巢子宫内膜异位囊肿也就是巧克力囊肿，这种疾病会引起盆腔的局部的粘连，从而引起输卵管、卵巢周围广泛粘连，从而会导致输卵管的梗阻扭曲，输卵管蠕动异常就会影响受精卵的输送，从而影响精子卵子相结合引起不孕症的发生，而且子宫内膜异位症的患者会引起女性盆腔的内环境发生改变，释放的某些物质会影响女性怀孕从而引起不孕症的发生。

做完卵巢巧克力囊肿手术后的注意事项有两点，第一点是配合医生皮下注射GnRH-a制剂，第二点是如果有生育要求，应尽早怀孕。第一点，做完卵巢巧克力囊肿手术后，要皮下注射GnRH-a制剂，比如亮丙瑞林，能暂时抑制子宫内膜，导致月经不来，从而达到预防复发的目的。第二点，如果有生育要求，尽量在半年之内怀孕，如果半年之内没有怀孕，复发率会升高。必要时可以做试管婴儿尽快的怀孕。

巧克力囊肿手术治疗是首选。药物治疗主要达到卵巢抑制目的，或“假孕”和“假绝经”。目前常用药物是孕激素、内美通和促性腺激素释放激素激动剂等。促性腺激素释放激素激动剂作用机制是通过下调垂体促性腺激素分泌，抑制卵巢释放雌、孕激素，造成体内低雌激素状态，起到暂时性药物“去势”作用，使异位内膜萎缩达到治疗目的。研究证明促性腺激素释放激素激动剂有效且安全，主要副反应是低雌激素状态引起更年期症状，如潮热、出汗、阴道干涩、烦躁、抑郁及骨质丟失、关节痛等。为改善用药者症状，需同时补充少量雌激素，即“反向添加”治疗，目的改善低雌激素状态的同时，不促进内异症病灶复发。“反向添加”除可明显改善症状外，骨密度下降也会减少。对内异症引起疼痛治疗办法最多，但特效药不多，治疗效果不理想。可首选非甾体类消炎药，如布洛芬等。若没有生育要求，可放置曼月乐治疗。

巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，因为囊肿的内容物是子宫内膜和陈旧性的血液，样子很像巧克力，所以称为巧克力囊肿。子宫内膜异位生长在卵巢上，异位的内膜与子宫腔内的内膜一样，都会随着卵巢分泌的雌孕激素的变化而变化，而发生坏死脱落流血，但是因为没有排出的通道，只能集聚在卵巢内，久而久之形成囊肿，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。