肺脓肿按病程分为急性和慢性。急性肺脓肿通常少于4到6周，病程迁延3个月以上则为慢性肺脓肿。肺脓肿患者的临床表现差异较大。原发性肺脓肿有促使误吸因素，或口咽部炎症和鼻窦炎的相关病史。继发性肺脓肿则有肺内原发病变或其他部位感染病史。由需氧菌等引起的原发性肺脓肿呈急性起病。以厌氧菌感染为主的，则呈亚急性或慢性化过程。脓肿破溃与支气管相通，后则痰量增多，出现脓性痰可有臭味。
实验室检查包括血常规白细胞和中性粒细胞升高。胸部影像学检查，影像学异常开始表现为肺大片密度增生，边界模糊的浸润影。随后产生一个或多个比较均匀低密度阴影的圆形区，当以支气管相通时出现空腔并有气液交界面，称之为液平，这是典型的肺脓肿影像学表现。有时仅在肺炎症渗出，且出现多个小的低密度区，表现为坏死性肺炎。需氧菌引起的肺脓肿周围常有较多的浓密炎性渗出。以厌氧菌为主的肺脓肿，外周肺组织则较少见浸润影。