非淋菌性尿道炎应尽早诊断，尽早治疗，口服药物治疗同时，改善良好的生活方式，多饮水，避免高危行为。
非淋菌性尿道炎不能自愈，一旦确诊需要积极的正规治疗，尽早诊断尽早治疗，是可以治愈。部分患者担心害怕造成不良的影响，未能到医院接受正规治疗，严重者耽误疾病的最佳治疗时间，造成严重的后果，如引起附睾炎等，引发男性不育症。治愈标准为自觉症状消失，尿道分泌物消失，实验室检查尿沉淀涂片无白细胞。
药物治疗是最重要的手段。多西环素口服，每日2次，连续服用7天；或盐酸四环素口服，每日4次，至少连服7天，一般为2至3周。由于孕妇不宜用四环素，可改用对肝脏损害比较小的红霉素治疗，红霉素治疗应口服，每日4次，连服7天。对患者的性伴侣也应进行检查和治疗。
复发性或持续性的病例尚无有效的推荐治疗方案，但一般的会应用甲硝唑单次口服，加红霉素口服，每日4次，共7天；或琥乙红霉素口服，每日4次，连服7天。
另外，治疗前和治疗后至少2周禁止性生活，这样有助于疾病的彻底治愈；排除焦虑的心理，积极配合大夫治疗；治疗期间多饮水，以降低尿液的浓度，减轻对尿道的刺激；戒烟戒酒，烟酒可以加重尿道的充血，使炎症更加加重。