引起细菌性阴道炎通常是因为乳酸杆菌含量降低，阴道内细菌大量生长引起内源性感染。
细菌性阴道炎是阴道内细菌的生长占据优势，因为细菌感染导致阴道炎症。在正常阴道内有一个正常的微生物的生态平衡。最常见是乳酸杆菌，属于革兰氏阳性杆菌，在阴道内占据优势，会分泌乳酸，使阴道内的环境是PH值在三点八到四点四之间，正常的阴道是。但是除乳酸杆菌之外，还有其可能阴性的杆菌。比如阴性菌，比如B型的链球菌或者是肠球菌等。
这些细菌虽然存在体内，但是如果量很少，不会治病。除细菌以外，还可能会有少量的真菌的芽孢或者是支原体，但是这些含量都非常少，因为优势菌是乳酸杆菌，所以不会造成阴道的生态平衡的失调，但是由于种种原因，使阴道的生态平衡失调，乳酸杆菌的含量降低，其他细菌生长过剩，比如厌氧菌，在感染时候，能够使数量从原来的很少增高到一百甚至上千倍，在这时导致局部分泌物增多，患者会出现瘙痒不适等症状。细菌性阴道炎一般是内源性的感染，是阴道局部的细菌，由于种种原因导致了生长过剩而出现炎症。