肺脓肿主要是由于能引起化脓的化脓性细菌，感染肺部引起来的肺组织化脓性的一个病变。常常早期是化脓性的炎症，继续发展，最后形成了坏死而形成了脓肿。肺组织炎性坏死以后，里头含有脓液，还有坏死的碎屑形成了空洞，常见病原菌常常于上呼吸道口腔的定植菌，除需氧的还有厌氧的，以及兼性的厌氧菌常常是肺脓肿的致病菌。
根据感染的途径一般把肺脓肿分为吸入性的，就是睡觉的时候有少量口咽部的细菌吸入，抵抗力下降或者本来就是一个卧床的患者，身体的防御能力本身就不好，当吸入的太多的时候，可能超过了人体正常的上面这些有的功能，也就正常的防御机制不能够及时处理的时候，就可能会发生肺脓肿。
肺脓肿也有继发的，会激发在某细菌性的肺炎以及支气管扩张、支气管囊肿，其实这两个是比较多见的，或含有肺结核，常常会出现继发性的肺脓肿，患者常常会有咳嗽，的咳黄脓痰或者是很臭的一种腥臭的痰，甚至可以会出现咳血，还有一种叫血源性的肺脓肿，也就是从血液传播过来的，由于皮肤感染，口腔的感染或者是骨髓炎等等，这样的炎症所致的这种脓毒症，菌栓通过血行传播到肺，就引起来肺的一个化脓性的炎症，也已经成了肺脓肿。