胆管良性狭窄大部分与结石相关或者与胆道蛔虫症相关。胆道蛔虫症现今比较少见，指胆道蛔虫进入胆总管后，使胆管壁受损引起收缩，造成胆管狭窄，使胆红素升高或者转氨酶升高。只要把奥迪括约肌打开，症状会慢慢缓解。胆囊结石引起的胆管良性狭窄较常见，但是胆囊切除术后胆管良性狭窄患者较少，需先排除肿瘤，即结石引起的器质性病变外，才能诊断为胆道原发性狭窄或良性狭窄。胆道良性狭窄最常见的病因是胆囊切除术中直接或间接的胆道损伤，开腹胆囊切除术胆道损伤的发生率较低，而腹腔镜胆囊切除术似乎并未降低胆道并发症的发生率反而有升高趋势。此外，上腹部外伤、硬化性胆管炎、Mirriz综合征等也会致胆管狭窄。

胆管良性狭窄顾名思义实际上是相对于肿瘤所致的狭窄而言。一般的原因，临床上常见对于儿童时，可能由于胆管发育的异常，造成局部的狭窄，后期如胆管里面出现有炎症，或者激发有结石或者胆管内有异物，或者胆管内有寄生虫，胆管的损伤，损伤以后的斑痕修复，都可能导致胆管流出道的变窄或者不通畅，相对于恶性肿瘤而言，这些疾病是良性的疾病，也就是说不会由于肿瘤导致最后的一个恶性结果，但是由于结石由于炎症或者异物等导致管腔狭窄，会由于胆道的引流不通畅而引起胆管的一个功能的异常，继发的引起肝脏功能的异常。有些是胆管损伤以后的瘢痕修复，或者手术当中由于手术的误操作，导致缝针缝线撕破或者是引起了一个胆管的梗阻和狭窄，临床上表现为反复的胆管炎症，甚至受损这一侧的胆道完全的狭窄和梗阻，导致胆管所引流这一段的肝脏功能的缺失，所以这种情况下，是需要外科手术把病变这一侧的胆管进行切除，或者是讲把狭窄的这一段的胆管进行切除，然后重新建立胆肠吻合或者是胆管的对端吻合或者修复的手术，重新建立胆道的引流通道，此外还有一种由于自身免疫相关的疾病导致硬化性胆管炎，这个也会出现胆管狭窄的情况，这个是需要内科治疗，进行激素或者免疫条件治疗，在临床上也不少见。